基因组重测序是在已知物种基因组的情况下进行测序。通过对该物种的不同个体或同一个体的不同组织进行基因组重测序，可从群体或个体水平全面挖掘基因组序列差异。

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基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱利用新一代高通量测序技术和高性能计算分析技术，能能够全面、经济、快速地检测某一物种特定组织在特定状态下的基因表达情况

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全基因组甲基化测序（Whole Genome BS-Seq， WGBS）是将重亚硫酸盐（Bisulfite）处理方法和 Illumina 高通量测序平台相结合，进行全基因组范围内的甲基化水平的测序。

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Small RNA是一类长度在20～30nt的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA。Small RNA能够调控基因的表达，在细胞的生长、发育、代谢等基础生物学过程中扮演着重要的角色，

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