多肽测序技术多肽测序技术通过确定蛋白质氨基酸序列及翻译后修饰，科研人员能够深入解析生命过程，发现新的疾病标志物，推进药物靶点开发。PMF vs MS/MS的多肽测序技术原理与应用解析将助力科研人员在复杂样品和精准研究中选择最合适的策略。目前，随着质谱技术的发展，肽段分析的分辨率、灵敏度和通量不断提升，肽指纹图谱（Peptide Mass Fingerprinting, PMF）和串联质谱（Tandem MS, MS/MS）是当前最常用的多肽测序策略，科研人员应根据实验目标、样品特性和研究需求选择合适策略，或采用多技术整合，实现更高分辨率、更高通量的蛋白质组学研究。

一、PMF与MS/MS技术原理概述

1、 Peptide Mass Fingerprinting（PMF）：基于肽段质量的模式识别

PMF是质谱多肽鉴定的经典方法，主要依赖于蛋白质酶解后所得多肽的分子质量指纹。具体流程包括：

（1） 酶解：将目标蛋白用胰蛋白酶等特异性酶切割，生成多肽混合物

（2）质谱分析：采用MALDI-TOF（基质辅助激光解吸/电离-飞行时间）测定多肽分子质量（m/z）

（3）数据库比对：将实验中获得的质量指纹与理论数据库中的酶解肽质量进行匹配，确定蛋白种类。

• 优点：操作简便、通量高、成本低，适用于单蛋白样品的快速鉴定。
• 局限：无法提供序列信息，低丰度蛋白和复杂样本中的多肽鉴定能力有限；翻译后修饰（PTMs）无法直接识别。

2、Tandem Mass Spectrometry（MS/MS）：基于肽段碎片离子的序列解析

MS/MS采用串联质谱进行多肽测序。其核心流程包括：

（1）酶解与分离：同样先进行酶切，通常采用LC（液相色谱）分离肽段

（2）质谱检测：在ESI（电喷雾电离）或MALDI源中，质谱仪测定母离子（前体肽段）的m/z

（3）选择母离子并解离：选定特定母离子后，在碰撞室中诱导其裂解，产生b、y等系列离子。

（4）检测碎片离子：分析碎片离子的质量与丰度，推导氨基酸序列，进行数据库搜索或de novo测序。

• 优点：分辨率高、序列信息完整，可识别复杂混合物中低丰度蛋白，能够定位修饰位点。
• 局限：对仪器要求高，操作复杂，数据分析耗时长。

二、技术对比分析：PMF vs MS/MS

从技术本质来看，PMF适合于快速筛选和单蛋白样品，而MS/MS则适合复杂样品解析、修饰鉴定及新蛋白测序。科研人员可根据样品类型、研究目的和设备条件，选择合适策略。

三、应用场景与技术进展

1、 PMF的典型应用

（1）蛋白纯化后的快速鉴定：纯化蛋白（如SDS-PAGE胶条回收）经胰蛋白酶酶解后，利用MALDI-TOF-PMF匹配数据库，快速确认蛋白种类。

（2） 蛋白质质量控制与批次验证：在生物制药中，常用于批次一致性检测，保证产品质量。

（3） 成本控制与高通量筛选：PMF因通量高、速度快，适合用于大量样品初筛。

2、MS/MS的典型应用

（1）蛋白质组学研究：结合LC-MS/MS，可在复杂生物样品（如血浆、组织）中，定性定量分析上千种蛋白；

（2）翻译后修饰解析：定位磷酸化、糖基化、乙酰化、泛素化等关键修饰位点，揭示功能调控机制；

（3）新抗原和生物标志物发现：肽测序在肿瘤免疫治疗、新药研发中用于发现新抗原或疾病相关肽段；

（4）de novo测序与物种特异蛋白解析：无需数据库，直接解析未知蛋白序列。

四、未来趋势与技术融合

随着质谱技术的进步，PMF与MS/MS正在逐渐融合与互补：

1、高分辨MALDI-TOF/TOF：MALDI技术不仅可用于PMF，还能实现MS/MS碎片检测，提升信息量；

2、LC-MALDI-MS/MS混合策略：将LC分离与MALDI检测结合，兼顾分离效率与分析速度；

3、AI辅助多肽序列解析：引入深度学习模型，提高碎片图谱解析精度，解决同分异构体与复杂修饰肽段识别问题；

4、单细胞质谱技术：推动单细胞水平的肽测序，为精准医学提供更多维度的数据支持。

在肽测序领域，百泰派克生物科技依托先进质谱平台（包括Orbitrap Fusion Lumos、Q-Exactive HF-X、MALDI-TOF/TOF），结合自主开发的样品前处理和数据分析流程，提供从PMF到MS/MS的全流程多肽测序解决方案。为您快速PMF鉴定；高分辨MS/MS测序；多技术整合；全链路定制服务，以先进的仪器平台、完善的解决方案和专业的技术团队，为全球客户提供精准、可靠的肽测序服务，共同推动蛋白组学与生物医药领域的创新发展。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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