感染性疾病一直备受临床关注,新型冠状病毒肺炎全球大流行,更让病原的精准快速检测成为关注的热点。
目前，因缺乏规范、检测质量良莠不齐、临床对NGS应用的适应证认识不足等多方原因，导致NGS技术在临床应用和普及受到了限制。该共识的推出也是为了促进该技术规范和发展，为临床抗感染诊治能力提升提供帮助。
此次菁良从中选取了部分共识要点以作分享，并给大家带来我们的针对性解决方案。
mNGS技术应用于感染性疾病的适应证
目前因为尚无任何国家官方机构正式批准的适应证或推荐领域，所以所有mNGS结果原则上都需要其他方法验证。从临床角度，mNGS结果不能单独作为病原学确诊或排除的证据。
（一）临床适应证
- 共识2：患者表现为发热或发热症候群，病因未明确（符合不明原因发热定义），考虑感染或不除外感染，但规范性经验抗感染治疗无效，考虑应用常规技术检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
- 共识3：各种原因导致患者急危重症表现，不除外感染所致，或考虑继发或并发危及生命的严重感染，建议常规检测的同时，或在常规检测基础上，开展mNGS。
- 共识4：免疫受损患者疑似继发感染，常规病原学检查未能明确致病原或/和规范性经验抗感染治疗无效，建议进一步完善常规病原学检测的同时，或在其基础上，开展mNGS。
其他对于疑似局部感染、高度疑似感染性疾病、难以鉴别的慢性感染等，在考虑常规检测的同时，或可在其基础上，开展mNGS。
（二）微生物学适应证
- 针对微生物，考虑出现疑似新发病原体，或某特殊病原体［29, 30, 31, 32］，缺乏传统技术或传统技术手段不能确定种属时
- 对于临床高度怀疑微生物所致的感染性疾病，多种传统技术反复检测不能明确致病微生物的情况
- 怀疑同时存在其他病原感染时
- 临床表现提示已明确或高度怀疑的病原体可能具有特殊的毒力表型，需要了解其毒力因子的相关信息时
以上多种情况，建议常规检测的同时，开展mNGS，并继续完善更多检测技术。
（三）流行病学和感染控制学适应证
- 共识16：出现某种疾病的聚集性发病或暴发，怀疑是微生物导致的感染性疾病但病原不明，且常规快速检测无结果时，建议完善常规检测的同时或在其基础上开展mNGS明确致病微生物。
感染性疾病的暴发是临床和疾控工作的焦点。2019年底，我国学者就是借助mNGS技术，仅仅数天时间就确认新冠肺炎是由一种新的冠状病毒引起的呼吸道传染性疾病。
mNGS的基本流程和管理要求
临床微生物实验室mNGS的基本流程包括标本采集、运送、核酸提取和富集、建库测序和生物信息分析来鉴定感染的病原体。
标本采集 mNGS标本的运送须防污染、防震荡、冷链快速运送；标本如不能及时检测，应保存于低于-70 ℃冰箱或液氮（血液标本应分离血浆后保存） 整个提取过程必须有防污染措施，包括阴性对照和阳性对照等。 测序原始数据应进行质控，并且过滤掉低复杂度、低质量的序列，确保测序原始数据的质量。
共识18：
DNA/RNA提取
DNA/RNA提取方法是导致mNGS结果差异的一个重要因素。
共识19：
建库和测序
大部分mNGS建库过程需要进行扩增。不同物种的克隆扩增效率不同，这会导致背景污染的物种读长数变得很高，mNGS结果判断更加困难。
共识20：
生物信息学分析
生物信息学分析流程必须经过性能确认和验证，包括将对照和患者数据集进行分析和比较，并通过常规临床测试来确定最终结果的准确性，目前尚缺乏标准。
mNGS应用于感染性疾病病原诊断的质量管理保证
mNGS检测的质量控制对于确保性能准确至关重要。由于mNGS是复杂的多步骤测试，因此需要多个质量控制指标，包括样品对照、外部对照、内部对照、文库质量指标、测序质量指标和污染对照。
mNGS应用于感染性疾病病原诊断的性能验证和标准化
mNGS检测微生物的性能、有效性和临床意义是亟待解决的问题。
菁良解决方案
mNGS检测的设计、分析性能和报告间的差异使得验证、质量控制和能力测试标准化成为一项艰巨的挑战。
菁良基因定制宏基因组测序质控品，可包含一种或多种细菌真菌类微生物，并有菌液，核酸溶液等多种产品形式可选。
用户可根据检测需求，定制包含不同种类微生物，不同产品形式，不同规格等的质控品。
■定制内容
■产品特点
■产品应用
在未来，菁良基因期待通过进一步规范该项技术在临床的应用及质量控制，探索mNGS在耐药基因检测、宿主免疫监测、病原体定量等领域中的落地前景，推动传感染病精准诊疗的发展！
更多详细产品信息
可点击“www.gene-well.com”查看