为了更好地将miRNA与siRNA及其他非编码小RNA或mRN**段区分开来,科学家们对miRNA的命名作了如下规定：
(1) 一个系统命名包含三部分内容，即物种，microRNA类别，序号。三者间用短线连接。
（2）物种一般用三个小写字母表示，如hsa,mmu和rno分别代表人，小鼠和大鼠。
（3）MicroRNA类别是指所命名的microRNA是pre-miRNA还是mature miRNA。pre-miRNA用mir表示，mature miRNA用miR表示。
（4）序号为一阿拉伯数字，代表microRNA发现的先后。一般而言，数字越小，发现越早
（5）高度同源的miRNA在No.其后加英文字母(小写,一般从a开始) 如miR-199a 和miR-199b
（6）由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟体序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分, 如miR-199a-1和miR-199a-2；
（7）如果一个前体的2个臂分别加产生miRNA，则根据克隆实验，在表达水平较低的miRNA 后面加“*” ，如miR-199amiR-199a*，或进行如下命名，miR-142-5p(也可命名为miR-142-s，表示从5' 端的臂加工而来)和miR-142-3p(也可命名为miR-142-as，表示从3'端的臂加工而来)；
（8）确定命名规则之前发现的miRNA，如let-7，则保留原来名字。
查询microRNA：http://www.mirbase.org/