来自APT客户发表文章，所有实验及生信部分均在中科新生命完成。
J Proteomics. 2017 Jan 6;150:1-8. doi: 10.1016/j.jprot.2016.08.014.Epub 2016 Aug 26
研究背景
急性淋巴细胞白血病（ALL）是最常见的儿童肿瘤，B-ALL是最常见的儿童ALL。病情危度分级对于制订化疗方案以及提高生存率至关重要。目前危度分级标准并不近如人意。本研究采用Label free比较蛋白质组学技术，筛选用于指示病情危度的生物标志物。
样本来源
患者骨髓，来源于 B-ALL low/medium risk group(L/MR, n=6) 、B-ALL high risk group(HR, n=6) 、 non-ALL group( n=6)
研究结果
1. 共鉴定到86个差异蛋白质；其中32个蛋白质在ALL患者骨髓样品中高表达，并且表达量HR组高于L/M组；另外54个蛋白质只在ALL患者样品中坚定到，且HR组的表达量高于L/M组；
根据GO功能注释结果，这些差异蛋白主要与蛋白质结合，代谢过程以及生物学调控等功能相关（Fig 1A,1B,1C）。
对这86个蛋白进行蛋白质互作网络分析（PPI），结果显示其中35个蛋白质存在直接相互作用 （dPPI），并且形成了一个围绕Hsp90β,YBX1 和 DDX48的互作网络（Fig1D）。
鉴定蛋白质的GO功能分析
2. 蛋白层面验证；挑选出5个蛋白（Hsp90β, YBX1,DDX48, Hsp90α和Thrp3） 进行WB验证（Fig 2A,2B）。首先，在前期Labelfree分析的样品中进行WB验证，结果与Label free一致；进一步扩大样品量（14 L/MR 以及18 HR）验证，Hsp90β, YBX1, DDX48, Hsp90α和Thrp3同样在HR组高表达（Fig 2C）。
Label free筛选的差异蛋白进行后续验证
研究结论
1. 在高危B-ALL儿童患者中鉴定到86个差异表达的蛋白质，其中35个具有直接相互作用。
2. 采用Label free分析的相同标本对其中5个蛋白质进行了WB验证，并进一步扩大了验证样本量；证实这些异常表达的蛋白参与了mRNA拼接，DNA损伤修复以及应激反应。
3. 本研究为儿童B-ALL提供了新的信息，这些差异表达的蛋白有助于病情的准确分级，为新的治疗靶点的发现提供了有价值的线索。
小编心得
本文是一篇非常典型的利用蛋白质组学Label free技术发表在J Proteomics的文献，研究儿童B-ALL不同分级以及non-ALL组骨髓样品中的蛋白质差异表达，通过目前常见的一系列生信分析（GO注释和互作）以及验证手段（WB）获取可信度较高的特异性（或目标性）蛋白质，为进一步的研究打下基础。