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解决方案 | 肿瘤诊治新篇章:翌圣NGS技术助力精准医疗  

作者:翌圣生物科技(上海)股份有限公司 2024-06-04T00:00 (访问量:50022)

 

肿瘤精准医疗

 

中国的癌症发病率和死亡率一直在上升,自2010年以来,癌症成为主要的死亡原因,也是中国的一个主要公共卫生问题,每年恶性肿瘤所致的医疗花费超过2200亿。随着越来越多的肿瘤早筛、伴随诊断产品被NMPA批准,更多的省份将肿瘤分子诊断技术纳入医保,更多的肿瘤患者将得益于分子诊断技术的辅助治疗,未来肿瘤患者生存率将与发达国家不断缩小。

 

 

 

PART1

肿瘤伴随诊断NGS解决方案

 

翌圣DNA文库制备产品方案

机械法 DNA 建库试剂盒

 

Hieff NGS® DNA Library Prep Kit(Cat#13577)

 

 

优异的捕获数据质量

  

 

不同样本不同品牌建库产量及下机数据对比测试

 

分别利用cfDNA、NA12878人类基因组 DNA 标准品、FFPE DNA为模板,其中cfDNA、NA12878样本投入量为30 ng,FFPE DNA投入量为50 ng,13577与竞品试剂在3种样本上建库,捕获panel为何因Cancer SLC Panel,结果显示:13577产量最优,下机数据捕获率、平均捕获深度和supplier I品牌相当,且与3家竞品试剂相比,13577 Dup值最低。

 

 

机械法 DNA 建库试剂盒搭配 FFPE 修复试剂

 

Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent(Cat#12606)

 

 

修复试剂 12606 搭配 13577 建库试剂盒文库产量测试数据

  

选择7种不同类型的FFPE样本,每个样本实验分成两组,分别为末修环节不添加FFPE修复试剂和添加FFPE修复试剂,模板投入量为50 ng,PCR循环数为8,构建好文库后直接进行上机测序。

 

 

加修复试剂能提高不同质量FFPE样本的建库产量

 

 

加修复试剂对文库产量的影响

 

加FFPE修复试剂的文库产量更高,文库产量提升大约在10-200%。

 

 

酶切法建库试剂盒

 

Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3(Cat#12194)

 

 

极低的假阳性率

  

NGS建库引入的假阳性问题主要包括嵌合序列和碱基错掺等因素,在酶切法片段化时将会引入一些假的嵌合序列,12194对片段化酶全面升级,解决了酶切假阳性的痛点。

 

用12194酶法片段化建库试剂盒对3种标准品样本(FFPE标准品、gDNA标准品、ctDNA标准品)建库,并和竞品W进行了头对头的比较。数据显示,无论是FFPE样本、gDNA、还是ctDNA,12194的Soft Clip、false chimeric都低于或近似于竞品W。

 

 

多重扩增靶向测序以超多重PCR为基础,通过对目标基因组区域进行引物设计及PCR扩增,富集靶向区域。

 

 

多重扩增靶向测序

 

多重扩增靶向测序以超多重PCR为基础,通过对目标基因组区域进行引物设计及PCR扩增,富集靶向区域。

 

2×Hieff® C2P4 Blood Direct Multiplex PCR Master Mix(Cat#13606)

 

 

良好的均一性

  

不同投入量的FFPE样本进行多重PCR建库,分别用两个扩增子引物池进行一轮扩增,202对引物和530对引物,插入片段在200-300 bp,在相同的扩增循环数和测序数据量,13606相较于竞品A有更好的均一性。

肿瘤转录组测序

FFPE 样本的 rRNA 去除

 

Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)(Cat#12257)

 

 

不同样本rRNA去除效率高,rRNA残留率低

  

分别以1μg 人、小鼠、大鼠总RNA为样本,Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)(12257ES24/96)去除试剂盒去除rRNA后建库,测序获得rRNA残留数据。

 

 

 

人珠蛋白去除

 

Globin mRNA Depletion Probe (Human)(Cat#12806)

 

 

良好的Globin去除性能

  

人血液RNA样本为模板,以不同的投入进行珠蛋白基因的去除,去除后Globin的占比几乎为零。

 

 

 

FFPE 样本 RNA 建库

 

Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit(Cat#12308)

 

 

数据产出高,文库均一性较好

 

不同质量的FFPE样本的RNA文库测序得到的结果进行文库分析,与竞品公司的文库测序结果相似性高,数据的均一性更好。

 

 

PART2

肿瘤早筛NGS解决方案

 

肿瘤转录组测序

甲基化转化

 

Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit(Cat#12225)

 

 

产品优势

  

转化率高:DNA样品中未甲基化胞嘧啶转化为尿嘧啶的转化率高达99.5%以上;

完整度好,回收率高:DNA降解程度低,转化后样本完整度好,DNA样品的回收率高达55%以上。

 

 

 

human gDNA不同投入量进行亚硫酸氢盐转化,样本中参入1%λDNA和0.5% PUC19DNA,12225ES的转化率>99.5%,DNA的回收率>55%。

 

酶法甲基化转化原料

 

TET/T4-BGT/APOBEC

 

为解决亚硫酸氢盐转化的痛点,翌圣生物基于自主生物专利技术,使用定向进化技术获得了高活性的TET/T4-BGT/APOBEC,这三种酶可应用于EM-seq酶法转化。

 

cfDNA 以10 ng和200 ng的样本起始量并参入1% λDNA和0.5%pUC19 DNA进行甲基化转化和甲基化建库(Cat#12221ES),同时采用亚硫酸氢盐转化作为对比(Cat#12222ES), 结果显示:TET2/T4-BGT酶氧化效率≥99%,APOBEC酶的脱氨效率≥99%,转化率与亚硫酸氢盐转化相当,均能达到预期的效果。

 

 

 

DNA 甲基化建库

甲基化单链建库

 

Hieff NGS® Methyl-seq ssDNA Library Prep Kit for Illumina® V2(Cat#12221)

 

 

产品优势

  

投入量低:可满足10 pg~250 ng起始量的样本建库;

数据质量佳:不同样本类型及不同投入量条件下均表现出优异的数据质量;
操作简便:2小时左右可以完成建库。

 

 

以gDNA、cfDNA、FFPE DNA为模板,先进行重亚硫酸盐转化,再进行建库。转化试剂盒:DNA甲基化亚硫酸盐转化试剂盒( Cat # 12222ES);和竞品对比,本试剂盒文库产率要比竞品高。在测序数据方面Mapping ratio(%)比竞品略高,dup ratio(%)和竞品相当。

 

 

甲基化双链建库

 

Hieff NGS® dsDNA Methyl Library Prep Kit for Illumina®(Cat#12214)

 

 

产品优势

  

所有组分均通过质量控制和功能验证,以确保文库的稳定产出;

支持多种类型DNA样本,包括gDNA、cfDNA和FFPE等;

兼容10 ng-1000 ng DNA的样本投入量,并兼容市面主流的转化方案。

 

12214ES文库产量、数据质量优于竞品

 

 

不同样本不同投入量的文库浓度

 

 

 

产品订购

 

样本前处理

产品应用

产品名称

产品编号

化学转化

DNA Methylation Bisulfite Kit

12222ES

Hieff® Superfast DNA Methylation Bisulfite Kit

12225ES

Hieff® Mag DNA Methylation Bisulfite Kit

12223ES

甲基化转化酶原料

Recombinant Ten-Eleven Translocase 2.0(eTET2.0, with buffer)

12212ES

T4 Phage β-glucosyltransferase (T4-BGT) (300 U/μL)

14552ES

14553 Recombinant APOBEC3A (A3A) Protein

14553ES

Recombinant Ten-Eleven Translocase (TET)

14554ES

 rRNA去除

Hieff NGS® MaxUp Human rRNA Depletion Kit (rRNA & ITS/ETS)(Cat#12257)

12257ES

珠蛋白RNA去除

Globin mRNA Depletion Probe(Human)(Cat# 12806)

12606ES

 

文库建库

产品应用

产品名称

产品编号

机械法建库

Hieff NGS® DNA Library Prep Kit 全能型DNA建库试剂盒 

13577ES

FFPE 修复试剂

Hieff NGS® FFPE DNA Repair Reagent

12606ES

酶切法建库

Hieff NGS® OnePot Pro DNA Library Prep Kit V3一步法DNA建库试剂盒V3

12194ES

多重扩增建库

2×Hieff® C2P4 Blood Direct Multiplex PCR Master Mix

13606ES

RNA建库

Hieff NGS® Ultima Dual-mode RNA Library Prep Kit

12308ES

甲基化建库

Hieff NGS® Methyl-seq DNA library Prep kit for Illumina® V2

12221ES

Hieff NGS® dsDNA Methyl Library Prep Kit for Illumina®

12214ES

 

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