3 单细胞转录组

发表期刊：Cancer Cell（IF=31.743）

组学技术：全外显子组、转录组、蛋白组、磷酸化组、微生物组

实验材料：262例肝内胆管癌患者的肿瘤及癌旁组织

摘要：本研究基于蛋白基因组学（proteogenomics）研究策略对262例肝内胆管癌患者的肿瘤及癌旁组织进行了基因组、转录组、蛋白质组和磷酸化修饰组等多组学检测，绘制了肝内胆管癌的多维分子图谱，建立了以蛋白质组为核心的肝内胆管癌分子分型（炎症S1、间质S2、代谢S3、分化S4四种亚型）。这些亚型在基因组、免疫微环境、药物响应、预后等方面具有独特的特征。研究者进一步揭示了FGFR2 融合是主克隆变异且其衍生肽可作为免疫抗原靶点，并发现HKDC1和SLC16A3 是肝内胆管癌的重要的预后指标。本研究为肝内胆管癌的发生发展机制、分子分型、预后监测和个性化治疗策略提供了新思路。

发表期刊：Cancer Cell（IF=31.743）

组学技术：WES、蛋白质组、磷酸化蛋白质组、代谢组、靶向蛋白质组

实验材料：大队列的血浆和血清样本

摘要：本研究利用蛋白基因组学（proteogenomics）研究策略系统分析了吉列替尼治疗引起的AML治疗抵抗全过程中细胞基因组、蛋白质组、磷酸化蛋白质组、代谢组等方面分子功能的变化。通过多组学方法的结合，揭示了白血病细胞早期耐药性和晚期耐药性的不同机制。发现了骨髓微环境在白血病细胞早期耐药性的促进作用，蛋白激酶Aurora B（AURKB）抑制剂协同吉列替尼，发挥了显著的抗白血病作用，有效地克服了白血病细胞早期耐药性，这为白血病治疗提供了一种新的联合用药方案。

发表期刊：Cell（IF=38.637）

组学技术：基因组学、转录组学、蛋白质组学和蛋白翻译后修饰组学（包括磷酸化、乙酰化、泛素化）

实验材料：108例肺鳞状细胞癌的肿瘤组织和对应的99份癌旁正常组织

摘要：本研究对108名未经过治疗的原发性LSCC患者术中切除的肿瘤组织和配对的组织学正常的相邻肺组织（NAT）样本，进行基因组学、转录组学、蛋白质组学和蛋白翻译后修饰组学（包括磷酸化、乙酰化、泛素化）分析，绘制全面的蛋白基因组学图谱。结果显示：1）FGFR1扩增型肿瘤中NSD3是一个可变的驱动基因，这为FGFR1治疗方案的局限提供潜在解释；2）蛋白聚类分析揭示了具有上皮细胞转分化（EMT）相关基因丰富的癌组织亚型；3）梳理出磷酸化蛋白组、乙酰化蛋白组和泛素化蛋白组之间的crosstalk对癌症演进和代谢途径的复杂调控；4）绘制了详细的免疫图谱，为治疗提供免疫相关靶点：p63低表达型肿瘤中而生存素可以做一个治疗靶点；SOX2过表达型肿瘤中LSD1和EZH2可作为治疗靶点。

发表期刊：Gastroenterology（IF=17.373）

组学技术：脂质组学

实验材料：结直肠癌和癌旁组织

摘要：本研究通过脂质组学揭示了结直肠癌和癌旁组织中脂质分子表达特征，并且该研究使用3个独立患者队列的结直肠癌肿瘤组织与正常、无病变的大肠粘膜相比，确定了大肠癌中特异性的脂质组变化。使用两个验证队列进行验证，最终找到了稳健的TG种属特征，能够显著区分肿瘤组织和无病变组织，并且具有预后意义。并进一步在肿瘤组织中检测了特征脂质合成相关的代谢酶情况。

发表期刊：Cell（IF= 41.582）

组学技术：转录组、蛋白组、单细胞转录组

实验材料：显微切割（LCM）获取不同类型的subTME（荒漠型subTME与中间型/反应型subTME）以及位于其中的肿瘤细胞

摘要：本研究突破了以往仅将TME作为一个整体研究的局限性，通过组织区域性多组学与临床数据和患者衍生的临床前模型的大规模整合，发现了两种根源于成纤维细胞的可塑性的微环境状态，它们具有不同的促肿瘤和化学保护作用，并首次提出了“亚肿瘤微环境（subTMEs）”的概念，即以成纤维细胞可塑性为基础的、在组织学上可定义的组织状态，这种潜在的亚肿瘤微环境塑造区域上皮和免疫表型，并影响疾病进展的关键临床指标。

发表期刊：Hepatology（IF= 17.425）

组学技术：外泌体蛋白组学

实验材料：M2 exos(M2巨噬细胞分泌的外泌体)

摘要：外泌体在肿瘤的发生发展和转移过程中发挥了举足轻重的作用，本研究发现M2极性巨噬细胞分泌的外泌体能激发肝癌细胞的迁移和侵袭能力。通过蛋白组学检测对外泌体进行蛋白组学检测，结合后续实验证实M2巨噬细胞分泌外泌体上的整合蛋白CD11b/CD18可以通过上调MMP-9 (基质金属蛋白酶9) 诱导了HCC的迁移、侵袭和肺转移。本研究揭示了外泌体引起肝细胞癌（HCC）转移的具体作用分子机制，为HCC的诊断找到了新的靶点，为肿瘤转移的机制研究提供了新思路。

发表期刊：Cell（IF=41.584）

组学技术：16S微生物组、转录组测序，免疫因子检测

实验材料：人和小鼠结直肠癌肿瘤组织分离的ILC免疫细胞、粪便样本

摘要：固有淋巴细胞 (innate lymphoid cells, ILCs) 是一类新发现的固有免疫细胞，其中，ILC3是T_H17的天然对应分子，它通过免疫因子（如IL-17、IL-22等）调控肠道应答菌群相关免疫。本研究重点针对肠道菌群与系统免疫之间尚不完全清晰的调控机制，通过极富逻辑性的实验设计与16S、转录组测序等研究手段，揭示了ILC3在肠道菌群免疫中发挥的关键作用——ILC3与T细胞之间稳态对于塑造健康的肠道菌群，从而维持TH1型免疫、提高肿瘤免疫治疗效果，为探寻提高肿瘤免疫治疗的方法提供了新思路。

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