消化系统肿瘤是发病率和致死率均较高的一类实体肿瘤。随着精准医疗在消化系统肿瘤领域的不断深入，以及相关分子标志物研究的不断积累，临床对于消化系统肿瘤的基因检测和应用提出了更高的要求。二代测序（next-generationsequencing，NGS）技术大大提高了检测通量，降低了单个样本单个位点的测序成本，在消化系统肿瘤中的应用越来越广泛。然而，NGS检测提供了大量的肿瘤基因组信息，如何在异常复杂的消化系统肿瘤中正确应用是巨大的挑战。
为提高消化系统肿瘤中NGS技术临床应用的规范性，中国抗癌协会肿瘤精准治疗专业委员会结合国内外研究成果，形成了《二代测序技术在消化系统肿瘤临床应用的中国专家共识》。经专家组讨论并形成22条专家共识，旨在为我国消化系统肿瘤临床诊疗规范使用NGS技术提供指导。
共识意见1：
MSI是包括消化系统肿瘤在内的泛瘤种常规检测标志物，NGS技术可以同时检测MMR基因变异、MSI状态和相关耐药机制，因而是优势更明显的检测方法(推荐等级:I级推荐)。
共识意见2：
TMB是包括消化系统肿瘤在内的泛瘤种常规检测标志物,需采用NGS检测(推荐等级:Ⅱ级推荐)。
共识意见3：
NTRK融合需作为消化系统肿瘤常规检测标志物(推荐等级：I级推荐)。NTRK融合发生率低，且NTRK抑制剂存在NTRK自身变异及旁路激活等耐药机制，基于DNA和RNA的NGS检测是临床常规筛查NTRK融合最可行的方法(推荐等级: Ⅱ级推荐)。
共识意见4：
胃癌患者需检测HER-2扩增或表达（推荐等级：Ⅰ级推荐），HER-2扩增或表达是结直肠癌、胆道肿瘤、胰腺癌潜在的治疗靶点（推荐等级：Ⅱ级推荐）。HER-2扩增或激活突变与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（推荐等级：III级推荐）。推荐消化系统肿瘤常规检测HER-2，NGS可以作为HER-2扩增的临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。在组织样本不可及的情况下，NGS也可以作为外周血ctDNA中HER-2扩增的检测手段（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见5：
结直肠癌患者应常规检测KRAS、NRAS基因变异（推荐等级：Ⅰ级推荐）。RAS变异属于KIT和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物。KRAS G12C突变是结直肠癌、胰腺癌临床治疗的生物标志物。推荐消化系统肿瘤常规检测RAS突变，NGS可以作为RAS突变的临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见6：
结直肠癌患者应常规检测BRAF基因变异（推荐等级：Ⅰ级推荐）。BRAF变异属于KIT 和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物。BRAF突变是胆道肿瘤、胰腺癌临床治疗潜在的生物标志物。推荐消化系统肿瘤常规检测BRAF突变，NGS可以作为BRAF突变的临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见7：
FGER2融合是胆道肿瘤临床治疗的生物标志物（推荐等级：Ⅰ级推荐）。FGER2扩增是胃癌潜在治疗靶点。推荐消化系统肿瘤常规检测FGER2变异，NGS可以作为FGER2变异的临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见8：
IDH1突变是胆道肿瘤临床治疗的生物标志物，NGS可以作为IDH1变异的临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见9：
KIT突变、PDGFRA突变是胃肠道间质瘤的常规检测标志物，NF1、SDHx、BRAF、RAS、PIK3CA、FGFR1等变异属于KIT和PDGFRA野生型胃肠道间质瘤的潜在耐药生物标志物，一代测序检测KIT和PDGFRA突变的敏感度不足，推荐NGS作为胃肠道间质瘤临床常规检测手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见10：
MET扩增是胃癌潜在治疗靶点（推荐等级：Ⅱ级推荐）。MET扩增是胃癌预后不良的生物标志物（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见11：
EGFR扩增或胞外结构域突变与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（推荐等级：Ⅲ级推荐）。EGFR扩增是胃癌、食管鳞癌潜在治疗靶点（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见12：
NRG1融合、ALK融合、ROS1融合、RET融合是胰腺癌临床治疗的潜在生物标志物（推荐等级：Ⅲ级推荐）。基于DNA和RNA的NGS同步检测可提高融合变异的检测效率和准确性（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见13：
EBV阳性是胃癌免疫治疗潜在的疗效预测标志物（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见14：
消化系统肿瘤需要关注免疫治疗负向标志物（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见15：
BRCA1/2突变是胰腺癌临床治疗的生物标志物，是胆道肿瘤临床治疗潜在的生物标志物（推荐等级：Ⅱ级推荐）。结直肠癌患者应常规检测POLE、POLD1等基因变异（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见16：
PI3K-mTOR信号通路与结直肠癌抗EGFR治疗耐药相关（ 推荐等级：Ⅲ级推荐）。PIK3CA变异是胃癌潜在治疗靶点（推荐等级：Ⅱ 级推荐）。PI3K-mTOR信号通路基因变异与胃癌的酪氨酸激酶抑制剂耐药相关（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见17：
在肿瘤组织不可及或检测失败的情况下，可以采用经过严格的技术和临床验证的液体活检NGS产品作为补充（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见18：
早期结直肠癌可以通过术后液体活检NGS产品来帮助判断预后以及辅助治疗决策（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见19：
晚期肿瘤患者接受系统性治疗期间， 可通过液体活检NGS动态监测来判断临床治疗应答以及辅助临床治疗决策（推荐等级：Ⅲ级推荐）。晚期结直肠癌患者可依靠NGS液体活检进行全程管理（推荐等级：Ⅲ级推荐）。
共识意见20：
推荐发病年龄较轻或有家族史的结直肠癌、胰腺癌、胃癌、胃肠道间质瘤患者进行胚系检测并接受遗传咨询（推荐等级：Ⅰ级推荐）。NGS是进行遗传筛查、确定胚系变异的有效手段（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见21：
NGS检测实验室应获得国内外权威认证，其开展的检测项目应进行性能验证及临床评价，并参加国内外权威机构发起的室间质评（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
共识意见22：
NGS检测报告应呈现基于AMP、ASCO、CAP、ACMG等分级系统的变异等级、基于循证医学证据等级的药物推荐以及质控信息（推荐等级：Ⅱ级推荐）。
第四章
二代测序检测技术要求中明确从事NGS检测的实验室需要经过严格的质量体系认证，满足国家和当地的质量体系要求，包括中国合格评定国家认可委员会 (China National Accreditation Service for Conformity Assessment, CNAS) 和美国实验室认可协会的ISO15189认可资质等。国外权威机构的资质认证，如美国临床检验改进修正计划、美国病理学会 (College of American Pathologists，CAP)，也可作为实验室检测能力和质量体系达到国际认可的标准。
实验室日常进行NGS检测应进行室内质量控制，从样本接收到出具检测报告的整个流程需要建立完善的质控体系并形成标准操作规程。NGS检测包括多个质控环节，每个环节均有可能影响检测结果的准确性，包括样本质控、核酸提取质量、文库构建和数据质控等，质控结果需要体现在检测报告中。除了实验室的室内质量控制以外，NGS临床检测实验室还应该参加国内（国家卫生健康委临床检测中心和各省市临床检测中心）和国际（CAP和欧洲分子基因诊断质量联盟）的室间质评等。
为了保证NGS检测作为辅助诊断的准确性和可重复性，产品上市前必须经过严谨的性能验证。在性能验证之前，需要建立完整的验证计划，确定阳性判断值、敏感度、特异度、检测下限、精密度和可报告范围等性能指标。
产品性能验证需要纳入的样本包括标准DNA 或RNA样本、标准细胞系和临床样本等。DNA、 RNA标准品和标准细胞系可以用来评估不同变异类型的检测准确性和可重复性，以及每种变异类型的检测下限。
菁良技术优势
产品形式丰富菁良可提供gDNA、ctDNA、FFPE (DNA/RNA)、假病毒 (溶液/冻干珠)、细胞溶液、RNA干粉等不同形式的产品。
自有细胞库累积近千细胞系资源: 涵盖肿瘤、生殖、遗传等多个方向。
多项创新产品自主创新研发的NIPT、HRD、TMB、COVID-19冻干珠质控品等；以及包含数百种突变位点，监控范围超广的泛肿瘤 800 gDNA标准品等。
定制化产品和服务根据用户需求进行个性化定制：可定制多种产品形式；可定制突变位点组合及突变频率。
全面的质控体系400+实验生产SOP，ISO13485质量体系保障；数字PCR质检及NGS多平台协同检测定标。
分子质控品——覆盖多种疾病类型
关于菁良
菁良科技（深圳）有限公司是全球领先的提供体外检测标准品的研发创新型高科技企业。
体外检测需要标准品！随着经济的快速发展，科技细分领域的不断拓展，国民生活水平的不断提高，检验检测市场需求也随之快速上升，体外检测进入高速发展阶段。然而配套的质量控制和规范化意识却相对滞后，很大一部分体外检测方法仍然存在效率低下且检测准确率有限的情况。菁良通过自主研发的高科技平台，向体外检测行业用户及合作伙伴提供全球领先的标准物质、第三方质控产品和研发参考品服务，助力提高行业检测准确率！
菁良自2018年成立以来，始终以推动行业规范化、标准化为己任，参与多项由检测领域行业龙头发起的标准制定工作，多次支持由临检中心发起的室间质量评价 (EQA)/能力验证项目。菁良拥有全球领先的标准品研发技术和资深的国际拓展经验，已推出众多行业首创的参考品和第三方质控品，被广泛用于检测试剂和仪器的工艺开发、以及检测过程之中。菁良秉承着“菁准制标，匠心良造”的理念，怀抱着“提高体外检测准确率，助力精准医学快速发展”的愿景，致力于建立规范化的中国体外检测金标准平台。