BSA介绍
集群分离分析（Bulk Segregant Analysis，BSA），即利用亲本与极端性状个体构建的混池，挖掘与性状相关的突变位点信息，后续可作为分子标记辅助分子育种。常用的性状定位分析方法为SNP-index方法。
BSA优势总结
1、与传统定位方法比较，大大降低了人力与时间成本，快速获得性状定位结果；
2、只需要检测亲本与极端个体混池，即可获得性状关联的突变位点信息，降低了研究成本；
3、不受亲本限制，多种群体均可进行性状定位研究；
4、通过circos图，可视化性状定位结果，更直观展示；
5、博奥晶典专门针对多倍体与基因组复杂的物种推出全新的BSA分析策略，完美解决多倍体或复杂基因组物种性状定位难题。
图1：SNP-index计算方法
注：SNP-index 表示突变基因型的覆盖度/此位点总覆盖度，在第一个突变位点，相比较参考基因型，突变基因型为G，覆盖度为4，而此位点覆盖度为10，SNP-index=4/10=0.4。
方案建议
1、群体类型：F1、 F2、DH 、RIL等群体；
2、样本选择：
• 双亲本+2个F2极端性状子代混池
• 双亲本+1个混池
• 1个野生亲本+1个突变混池（EMS诱变个体与野生型构建的群体）
• 单亲本+1个混池
• 无亲本+2个极端混池（F2，F1等）
3、适用样本参考
A. 针对所有有参考基因组物种；
B. 多倍体物种：如小麦等；
C. 基因组重复序列含量高的物种：如玉米等；
图2：QTL-seq群体选择示意图
注：QTL-seq适用于数量性状的群体，选择表型极端的个体构建混池。
结果展示
SNP-index分布示意图：
下图分为上中下三个部分，横坐标表示各染色体，上图表示混池B1的SNP-index值在各染色体上的分布，中间的图表示混池B2的SNP-index值在各染色体上的分布，下图黑线表示两个混池的SNP-index差值，即ΔSNP-index，在各染色体上的分布，蓝绿红线分别表示不同的置信水平，从上到下依次为0.99，0.95，0.9，0.1，0.05，0.01的置信水平，超过置信水平的区域为性状相关的候选区域。
图3：SNP-index分布示意图
下图从外到内，第一圈表示参考基因组的染色体；第二圈表示SNP的密度分布，柱状颜色越红越高表示密度越高，越蓝越低表示密度越低；第三圈红色表示Insert的密度分布，柱越高表示密度越高；第四圈蓝色表示Delete的密度分布，柱越高表示密度越高；第五圈表示ΔSNP-index分布，黑线表示平均ΔSNP-index，蓝线，绿线，红线分别表示0.01，0.05，0.1，0.9，0.95，0.99的置信水平。
图4：Circos可视化定位结果示意图
参考文献
[1] Abe A, KosugiS, Yoshida K, et al. Genome sequencing reveals agronomically important loci inrice using MutMap[J]. Nature Biotechnology, 2012, 30(2):174-8.
[2] Takagi H, Abe A,Yoshida K, et al. QTL‐seq: rapid mapping of quantitative trait loci in riceby wholegenome resequencing of DNA from two bulked populations[J]. Plant Journal,2013,74(1):174-83.
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撰稿 | 博奥晶典生物信息部 樊淑
文案 | 博奥晶典科研服务事业部 李莹、吴洁、张西轩
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