自然界的许多物质都可以作为抗原，但用作诊断试剂的抗原必须是单一特异性的，即纯化的抗原，所以必须将所需的抗原从复杂的组分中提取出来，下面介绍一些主要的制备方法。
颗粒性抗原的制备
颗粒性抗原主要指细胞抗原或细菌抗原，最常用的细胞抗原是制备溶血素用的绵羊红细胞。它的制备方法比较简单，采用新鲜绵羊红细胞，以无菌盐水洗涤3次，最后配成106个/mL浓度的细胞悬液即可。细菌抗原多用液体或固体培养物经过集菌后处理制得。有些虫卵、细胞膜成分都可制成颗粒抗原。颗粒抗原呈乳浊液，多采用静脉内免疫法，较少采用佐剂作皮内注射。
可溶性抗原主要包括蛋白质、糖蛋白、脂蛋白、细菌毒素、酶、补体等。但是这些蛋白的成分比较复杂，免疫前需要纯化，常用的纯化过程按以下步骤进行。
（1）组织和细胞粗抗原的制备 将新鲜或超低温保存的样品组织清洗干净后，剪成小块后进行粉碎，常用的粉碎方法有高速组织捣碎机法和研磨法，粉碎后的组织匀浆液离心后上清液中就含有可提取可溶性抗原的材料――粗抗原。
（2）组织细胞可溶性抗原的制备 可用于制备抗原用的细胞包括正常细胞、病理细胞或传代细胞。制备抗原时需将细胞破碎后释放出抗原。制备方法有反复冻融法、冷热交替法、超声破碎法、自溶法、溶菌酶处理法等。
（3）超速离心和梯度密度离心法 超速离心是分离亚细胞部分及蛋白质大分子是有效手段，它又分为差速离心和梯度离心。离心纯化抗原的方法是依据抗原的比重特点进行分离，目前仅适用于少部分大分子抗原，如IgM、C19、甲状腺蛋白等；对于大量的中、小分子量蛋白质，多不适合用离心的方法进行分离纯化。
（4）选择性沉淀法 选择性沉淀是采用各种沉淀剂或改变某些条件促使抗原成分沉淀，从而达到纯化的目的，主要包括盐析沉淀法、有机溶剂沉淀法、水溶性非离子型聚合物沉淀法等。
（5）亲和色谱、凝胶过滤和离子交换色谱 采用各种色谱手段，可将某种蛋白质从复杂组分中纯化出来。
（6）纯化抗原的鉴定 常用的方法有聚丙烯胺凝胶电泳法、结晶法、免疫电泳法、免疫双扩散法等。一般常把几种方法联合使用才能判断出可靠的结果。